Fountaine Pajot naît en 1976 de la rencontre de deux régatiers de haut niveau, Jean-François Fountaine, sélectionné olympique et champion du monde de Half Tonner, et Yves Pajot, médaillé en Flying Dutchman aux Jeux de Munich. Rejoints par Daniel Givon et Rémi Tristan, ils installent un premier atelier au lieu-dit L'Aubreçay, avant de s'établir dès 1978 à Aigrefeuille-d'Aunis, près de La Rochelle, siège historique du chantier encore aujourd'hui. Les débuts sont ceux d'un atelier de construction légère : dériveurs de série (420, 470, 505), planches à voile, puis monocoques de course IOR, qui valent rapidement au jeune chantier une réputation technique dans le milieu de la régate.
Le tournant vers la croisière survient en 1982, quand Jean-François Fountaine et Pierre Follenfant remportent la transatlantique La Rochelle-La Nouvelle-Orléans à bord du catamaran de 20 mètres "Charente Maritime". Fort de cette expérience du multicoque rapide, le chantier lance en 1983 le Louisiane 37, son premier catamaran de croisière, dessiné avec l'architecte Michel Joubert : construction sandwich, faible franc-bord et dérives relevables, pour une répétée d'une centaine d'exemplaires. Les modèles suivants, Maldives, Fidji, Marquises puis Vénézia 42 en 1992, installent une identité visuelle propre à la marque, la fameuse casquette de toit. À partir de 1991, la collaboration passe progressivement au cabinet Berret-Racoupeau, qui accompagne depuis l'évolution de la gamme.
Le chantier diversifie ensuite son offre avec l'arrivée des premiers catamarans à moteur à la fin des années 1990, puis ouvre un second site à La Rochelle en 1999. La production s'appuie aujourd'hui sur quatre implantations en Charente-Maritime : Aigrefeuille-d'Aunis, deux sites à La Rochelle, Gujan-Mestras et, plus récemment, Périgny, où une nouvelle ligne mixte assemble à la fois des Dufour et des Fountaine Pajot. Plus de 5 000 catamarans de croisière sont sortis des chaînes depuis 1983. La marque Fountaine Pajot emploie environ 719 personnes en 2025, au sein d'un groupe coté sur Euronext Growth depuis la fin des années 2000, dont le chiffre d'affaires a atteint un niveau historique de 351,3 millions d'euros sur l'exercice 2023/24, avant de refluer à 323,2 millions d'euros en 2024/25 dans un marché nautique en phase de transition.
L'ADN du chantier reste marqué par ses origines de régatiers, avec une recherche constante d'équilibre entre performance et habitabilité, revendiquée par la direction comme un dosage entre "processus industriels et excellence artisanale". Cette philosophie s'est traduite, sur le plan de la fabrication, par l'adoption du moulage par injection dès 2002 sur le Lavezzi 40, puis de l'infusion sous vide sur le Mahé 36, réduisant le poids et améliorant la constance de fabrication. Depuis le début des années 2010, l'accent porte sur la croisière décarbonée : concept "éco-croisière" introduit en 2011, plan de décarbonation Odysséa 24 lancé en 2022, propulsion électrique sur l'Aura 51, puis présentation en 2023 du premier catamaran à motorisation hydrogène. Le chantier affiche l'objectif d'équiper 100 % de sa flotte de voiliers et catamarans à voile d'une motorisation hybride d'ici 2030.
L'événement capitalistique majeur de la période récente est le rachat, en 2018, du chantier Dufour Yachts, spécialiste du monocoque habitable, opération soutenue par l'entrée au capital du fonds Unexo dès 2016 et par le Crédit Agricole Charente-Maritime Deux-Sèvres : Fountaine Pajot devient ainsi actionnaire majoritaire et donne naissance à un groupe à deux marques, qui revendique aujourd'hui plus de 14 500 bateaux naviguant dans le monde et environ 1 300 à 1 500 collaborateurs selon les périmètres de reporting. L'exercice 2025/26, qui coïncide avec le 50e anniversaire du chantier, est marqué par une transition de gouvernance : Nicolas Gardies, directeur général depuis 2014, prépare son départ à la retraite prévu en 2027, la direction s'appuyant désormais sur Mathieu Fountaine, fils du fondateur et directeur général adjoint, ainsi que sur Steven Guedeu, nommé directeur général adjoint en charge du commerce et du marketing. Cette année anniversaire s'accompagne du plus vaste plan de renouvellement produit de l'histoire du groupe, avec sept nouveaux modèles annoncés sur deux exercices (FP41, FP44, FP48, FP55, FP70S côté catamarans, D44 et D48 côté Dufour), soit environ 70 % de la gamme renouvelée à fin 2025/26.